Theo đó, Bộ TNMT sẽ thành lập ba đoàn tiến hành thanh tra tại chín tỉnh gồm Quảng Nam, Quảng Ngãi, Kon Tum, Gia Lai, Bình Định, Phú Yên, Đắc Nông, Đắc Lắc và Lâm Đồng.
Đối với các địa phương còn lại gồm Thanh Hóa, Nghệ An, Hà Tĩnh, Quảng Bình, Quảng Trị, Thừa Thiên Huế, Đà Nẵng, Bình Phước, Bình Dương, Đồng Nai, Bình Thuận, Ninh Thuận và Khánh Hòa, sở TNMT các tỉnh sẽ thực hiện công tác thanh tra tại địa phương.
Việc thanh tra sẽ tập trung vào công tác quản lý nhà nước đối với các dự án thủy điện, vấn đề quy hoạch và đất đai, môi trường và sử dụng tài nguyên nước của các dự án thủy điện. Dự kiến sẽ có báo cáo kết quả thanh tra lên Bộ TNMT trước ngày 10-12-2012.