Ngày 6/7/2012, Bộ Tài chính có Công văn số 9048/BTC-CST gửi cục thuế các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương; cục hải quan các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương hướng dẫn một số điều của thuế BVMT. Theo đó, một số quy định của Luật Thuế Bảo vệ Môi trường đối với hàng hoá mua bán từ trong nước vào khu phi thuế quan, đối với thuốc diệt cỏ hạn chế sử dụng và đối với túi ni lông đa lớp đã được Bộ Tài chính cho ý kiến.
Thứ nhất, về thuế BVMT đối với hàng hoá mua bán từ trong nước vào khu phi thuế quan, căn cứ vào các điều khoản tại Luật Thuế Bảo vệ Môi trường, cụ thể Khoản 1, Điều 5; Khoản 3 Điều 10; Điều 11 thì thuế BVMT chỉ phải nộp một lần tại khâu sản xuất bán ra hoặc tại khâu nhập khẩu.
Theo thông tin trên cổng thông tin điện tử Bộ Tài chính, công văn cũng quy định rõ, việc xác định hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu để tính thuế BVMT là khi hàng hoá được xuất, nhập khẩu qua biên giới Việt Nam.
Hàng hoá thuộc đối tượng chịu thuế BVMT được sản xuất trong nước hoặc trong khu phi thuế quan và bán ra giữa trong nước và khu phi thuế quan, trong khu phi thuế quan, giữa các khu phi thuế quan với nhau và xuất nhập khẩu tại chỗ (trong lãnh thổ Việt Nam) thì doanh nghiệp sản xuất hàng hoá phải khai, nộp thuế BVMT khi bán hàng hoá.
Khu phi thuế quan bao gồm khu chế xuất, doanh nghiệp chế xuất, kho bảo thuế, khu bảo thuế, kho ngoại quan, khu kinh tế thương mại đặc biệt, khu thương mại - công nghiệp và các khu vực kinh tế khác được thành lập theo Quyết định của Thủ tướng Chính phủ, có quan hệ mua bán trao đổi hàng hoá giữa khu này với bên ngoài là quan hệ xuất khẩu, nhập khẩu.
Trường hợp doanh nghiệp đã nộp thuế BVMT đối với hàng hoá bán ra hoặc nhập khẩu từ nước ngoài vào Việt Nam thì hàng hoá đó sẽ không phải chịu thuế BVMT ở các khâu mua bán sau đó (mua bán giữa tổ chức, cá nhân trong nội địa, trong khu phi thuế quan, từ nội địa vào khu phi thuế quan và ngược lại, giữa các khu phi thuế quan với nhau).
Thứ hai, vế thuế BVMT đối với thuốc diệt cỏ hạn chế sử dụng, tại Nghị quyết 1269/2011/NQ-UBTVQH12 ngày 14/7/2011 của Uỷ ban Thường vụ Quốc hội ban hành biểu mức thuế BVMT có quy định về thuế BVMT đối với thuốc diệt cỏ thuộc loại hạn chế sử dụng; Việc sản xuất, kinh doanh thuốc diệt cỏ được thực hiện theo quy định của Pháp lệnh Bảo vệ&Kiểm dịch Thực vật.
Tại khoản 3 Điều 29 Pháp lệnh Bảo vệ&Kiểm dịch Thực vật quy định Bộ Nông nghiệp&Phát triển Nông thôn có trách nhiệm hàng năm công bố danh mục cụ thể thuốc bảo vệ thực vật được phép sử dụng, thuốc bảo vệ thực vật hạn chế sử dụng, thuốc bảo vệ thực vật cấm sử dụng ở Việt Nam.
Hiện tại, danh mục thuốc bảo vệ thực vật hạn chế sử dụng chưa quy định về thuốc diệt cỏ loại hạn chế sử dụng. Vì vậy, chưa thu thuế BVMT đối với thuốc diện cỏ thuộc loại hạn chế sử dụng.
Thứ ba, về thuế BVMT đối với túi ni lông đa lớp, tại khoản 3 Điều 2 Nghị định số 67/2011/NĐ-CP ngày 08/8/2011 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật thuế Bảo vệ Môi trường quy định: “Đối với túi ni lông thuộc diện chịu thuế (túi nhựa) quy định tại Khoản 4 Điều 3 của Luật thuế Bảo vệ Môi trường là loại túi, bao bì nhựa mỏng làm từ màng nhựa đơn HDPE (high density polyethylene resin), LDPE (Low density polyethylen) hoặc LLDPE (Linear low density polyethylen resin), trừ bao bì đóng gói sẵn hàng hóa và túi ni lông đáp ứng tiêu chí thân thiện với môi trường theo quy định của Bộ Tài nguyên&Môi trường”.
Công văn nêu rõ, túi ni lông đa lớp là loại túi được sản xuất từ màng nhựa đơn HDPE, LDPE, LLDPE và các loại màng nhựa khác (Polypropylene - PP, Polyamit-PA,…); Túi ni lông đa lớp được sản xuất từ màng nhựa đơn HDPE, LDPE, LLDPE thuộc diện chịu thuế BVMT. Thuế BVMT túi ni lông đa lớp được tính theo tỷ lệ % trọng lượng màng nhựa đơn HDPE, LDPE, LLDPE có trong túi. Căn cứ định mức lượng màng nhựa đơn HDPE, LDPE, LLDPE sử dụng sản xuất túi ni lông đa lớp, doanh nghiệp sản xuất, nhập khẩu túi ni lông đa lớp khai, nộp thuế BVMT.
Doanh nghiệp tự xây dựng, quản lý định mức lượng màng nhựa đơn HDPE, LDPE, LLDPE sử dụng sản xuất túi ni lông đa lớp. Định mức được xây dựng từ đầu năm hoặc đầu kỳ sản xuất túi ni lông và thông báo cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp trước khi xuất bán túi ni lông. Trường hợp doanh nghiệp trong thời gian sản xuất có điều chỉnh bổ sung định mức thì doanh nghiệp phải thông báo cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp.